《中国比较医学》1999年，获中国学术期刊（光盘版）编辑委员会及中国科学文献计量评价研究中心颁发的国家级火炬计划项目中国科学引文数据库来源期刊证书、国家级火炬计划项目中国学术期刊综合评价数据库来源期刊证书、国家级火炬计划项目国家重点新产品《中国期刊网》《中国学术期刊（光盘版）》全文收录证书。

2000年，获中国学术期刊（光盘版）编辑委员会中国科学文献计量评价研究中心颁发的中国知识基础设施工程（CNKI）中国学术期刊综合评价数据（CAJCED）统计刊源证书。2004年，被中国生物学文献数据中心的《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录。2004年，被中国科技信息所万方数据股份有限公司《中国核心期刊（遴选）数据库》收录。2004年，被国家科技部《中国科技论文统计源期刊》（中国科技核心期刊）收录。2005年，被解放军医学图书馆研制开发的《中文生物医学期刊文献数据库-CMCC》及《中国生物医学期刊引文数据库-CMCI》收录。2010年，被美国化学文摘社期刊收录。

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